SeqKan
使用说明
Windows 版 · 纯离线运行 · 序列数据不出本机
三步上手
- 点「打开文件」或直接把
.dna/.gb/.fasta拖进窗口； - 中间自动画出环状图谱；左侧页签切换「序列 / 质粒库 / 酶切 / 引物 / 标注 / 双酶切 / 序列分析 / 基因查询 / ORF / GC 曲线 / 翻译 / 比对 / BLAST / 序列工具」；
- 顶栏「环状 / 线状」切换视图，导出 PNG / SVG / PDF，或保存工程。
1. 支持导入的文件
| 格式 | 说明 |
|---|---|
.dna / .snapgene | SnapGene 原生文件，序列、元件、引物一次完整还原 |
.gb / .gbk / .genbank | GenBank 文本，读取 LOCUS 名称、FEATURES 元件 |
.fasta / .fa / .fas | FASTA 序列，标题行作为质粒名 |
.ab1 | Sanger 测序峰图文件，按 ABIF 标签读取碱基判读结果，用于测序比对 |
.txt | 纯序列文本（可含空格、数字、换行，会自动清洗） |
工程文件 .json | 本工具保存的工程，含序列、元件、视图设置 |
导入只读本地文件，不联网、不上传。保存时可选「赛勘工程 .json / GenBank .gb / FASTA .fasta」三种格式。
2. 图谱视图
环状 / 线状
- 顶栏「环状 / 线状」按钮切换拓扑；
- 环状图谱：外双环 + bp 刻度，元件彩色箭头沿环排布，名称沿切线贴在元件弧内侧，长名称向外自动分层并带引线；
- 线状图谱：横轴标尺在上、元件箭头块堆叠在轴上方、酶切位点标注在轴下方，标签水平排列便于阅读。
缩放与滚动
- 环状视图：鼠标滚轮缩放，按住拖动平移；顶栏 ＋ － 100% 复位；
- 线性视图：按窗口宽度自适应铺满，直接使用滚动条上下浏览。
查看单个元件
- 鼠标悬停：显示元件名称、类型、起止位置；
- 单击：选中高亮，左侧「标注」面板同步定位，可编辑名称 / 颜色 / 位置；线性视图中会自动滚动到该元件所在行；
- 再次单击同一元件或点击图谱空白处：取消选中。
线性视图选中序列
- 鼠标在线性序列上变为工字光标，单击选中单个碱基，拖拽选中一段序列；
- 选中后左侧「序列编辑」显示全长序列并高亮选中区间，可直接复制片段。
3. 限制性内切酶
- 左侧「酶切」面板勾选酶（默认 15 种常用酶），支持按分类筛选、搜索、全选 / 清空；
- 勾选后图谱实时标注切点，右侧列表显示位点编号与片段长度；
- 点击酶名可高亮其全部识别位点，再次点击取消高亮；
- 双酶切计算器：选两种酶，计算切点组合、片段数与各片段 bp。
当前内置 36 种常用 II 型限制酶识别序列与切点偏移，可按需勾选；切点位置以 1-based 计算。
4. 序列分析
翻译
- 左侧「翻译」页签选择正向阅读框，列出该框的 ORF；默认只展示 ≥100 aa 的主 ORF，短 ORF 折叠收起；
- 点击某条 ORF 行，右侧精准高亮对应碱基区间与氨基酸；再次点击取消；
- 点击氨基酸或终止符，可高亮其对应的三个碱基。
ORF 预测
- 按所选最小长度扫描全部 6 框 ORF，列出起止坐标、长度、起始 / 终止密码子；
- 点击结果可在图谱中定位并高亮，再次点击取消。
GC 含量与曲线
- 统计整条序列 GC%、AT%，并按窗口绘制 GC 曲线，可调窗口大小；
- 曲线底部带碱基坐标轴，点击曲线任意点即可高亮对应窗口，并在线性序列中居中定位。
双酶切计算
- 选两种酶，计算切点组合、片段数与各片段 bp；
- 结果按片段从小到大列出，便于判断条带。
序列分析
- 粘贴任意序列即可统计长度、GC%、AT%、分子量（单链 / 双链）、Tm 等基本参数；
- 不受当前质粒影响，适合快速检查一段引物或片段。
基因查询
- 输入基因名即时联想，点击基因后列出该基因的全部 RefSeq 转录本（仅 NM_ 编号），最长转录本标注
longest； - 每条转录本可复制 CDS 区序列，直接粘贴到序列编辑区或比对框使用。
5. 序列比对与 BLAST
序列比对（左侧「比对」页签）
- 粘贴序列或上传测序
.ab1文件，与当前质粒做局部比对，自动尝试反向互补方向； - 结果在右侧展示：一致用
|，错配用红色·并把碱基标红，缺口用-； - 匹配到的区段会在图谱上高亮，点击「环状 / 线性」或「返回图谱」即可回到图谱并保留高亮；
- 一致性低于 70% 或比对长度不足 15 bp 时提示「未找到显著匹配区」，避免误判。
BLAST 比对（左侧「BLAST」页签）
- 粘贴两条序列做整体比对，完整展示双序列对齐结果与一致性统计；
- 比对结果同样在右侧展示，可点击「导出 PDF」保存为 A4 矢量文件。
6. 引物与序列工具
引物（左侧「引物」页签）
- 输入正向引物后自动补齐反向互补引物；展示 GC%、Tm（Wallace 法）、Tm（GC 法）三项指标；
- 引物结合位点与扩增片段可在图谱中标注。
序列工具（左侧「序列工具」页签）
- 一键生成序列的反向、互补、反向互补；
- 编辑框内改碱基或插入序列后点「应用编辑」，图谱会以琥珀色标注插入位点、红色标注突变 / 缺失片段。
7. 元件标注
- 左侧「标注」面板可新增、编辑、删除元件：名称、类型、起止坐标、颜色、方向（正向 / 反向）；
- 支持按名称搜索、按类型筛选；修改即时反映到图谱；点击元件行可高亮，再次点击取消；
- 导入 SnapGene / GenBank 时已有元件会自动带出，无需重画。
8. 导出与保存
| 操作 | 说明 |
|---|---|
| 导出 PNG | 按当前视图（含环状或线性）导出 1800×1800 白底位图 |
| 导出 SVG | 矢量图，可无损放大用于论文 / 汇报；文字可再编辑 |
| 导出 PDF | 顶栏导出图谱 PDF；比对结果面板内「导出 PDF」按 A4 纵向输出比对报告 |
| 保存 / 另存 | 可选赛勘工程 .json、GenBank .gb、FASTA .fasta |
9. 菜单与快捷键
| 快捷键 | 功能 |
|---|---|
| Ctrl + O | 打开序列文件 |
| Ctrl + S | 保存工程 |
| Ctrl + Shift + S | 另存为 |
| Ctrl + 1 / 2 | 切换环状 / 线性图谱 |
| Ctrl + P | 打印当前图谱 |
| F1 | 打开本使用手册 |
| Ctrl + U | 检测更新 |
| Esc | 取消选择 / 关闭弹层 |
10. 数据安全与更新
- 所有序列、元件、工程文件只存在本机；软件无账号、无云端、无广告；
- 启动时自动检查更新：发现新版本会弹出更新窗口，在应用内下载并显示进度条，完成后自动安装并重启；
- 不更新无法继续使用（与微信一致），但不会影响已保存在本地的数据；
- 也可在「帮助 → 检测更新…」手动检查，会明确提示「已是最新版本」或失败原因。
11. 常见问题
安装时被 Windows SmartScreen 拦截
点「更多信息 → 仍要运行」即可，这是未购买代码签名证书时的常见提示，不代表软件有风险。
更新下载很慢或失败
更新包约 2 MB，正常网络下几秒即可完成；失败时窗口会给出「重试」，也可到本页下载历史版本手动安装，覆盖安装不会丢失数据。
测序文件比对不上
先确认测序文件为 .ab1 原始峰图且能正常打开；本工具会自动尝试反向互补方向。若仍无匹配，请确认该测序反应确实来自当前质粒。
导入 .dna 后元件缺失
请确认文件来自 SnapGene 正常保存（未加密）。若仍缺失，可改用 GenBank 导出后再导入，或在「标注」面板手动补充。
图谱文字拥挤
环状视图缩小可让标签分层更明显；线性视图下标签水平排布，长名称会自动分行显示。